设立指导司法改革的专门机构来作出总体规划和部署，协调部门改革，整体推进司法改革——记者采访了六七个来自法院和检察院的代表，他们都表达了这样的相近意见。他们说：在新的一届人大开始工作的时候，应当更加注重人大对司法改革的决策和协调，更多的司法改革措施应当由人大作出决定，或者通过立法确定，使司法机关的改革成为真正意义上的国家的司法改革。那样，我国的司法改革就会驶入健康发展的轨道，取得更好的成绩。
改革着力点：
依法独立行使司法权和确保公正司法
按“三步走”的司法改革进程，许多代表委员指出：目前的司法改革进入了攻坚阶段。河南省高级法院院长李道民代表分析说：“经过这么多年的实践，改革已经开始触及到核心和关键问题。”
云南省检察院检察长李春林代表说，司法改革一个很关键的任务是要解决法律规定权限的可操作性问题。“宪法规定人民检察院是法律监督机关，但目前的司法程序还难以保障诉讼监督权落到实处”。
吉林大学博士生导师王维忠代表告诉记者：“法律虽然规定了检察机关对民事审判活动进行监督，可以抗诉，但没有具体的操作程序，使民行检察面临诸如调卷难等具体困难和问题。”王维忠代表将就此提出建议。
十六大报告指出：要“从制度上保证审判机关和检察机关依法独立公正地行使审判权和检察权”。湖南省检察院检察长何素斌代表强调，这就是我们进行司法改革的着力点。
曾经提出过４００余件议案和建议、连任四届全国人大代表的山东省曲阜市红十字会副会长姜健代表在接受记者采访时提出，独立司法的前提是依法。现在应该抓紧修改《人民法院组织法》、《人民检察院组织法》，理顺法院、检察院上下级之间以及同其他相关部门的关系。他说：“对司法机关的‘垂直管理’模式应该进行论证，要探索符合我国国情、从体制上保证司法独立的现实途径。”中华全国律师协会副会长、山东琴岛律师事务所主任杨伟程代表也提出了司法机关实行垂直管理、人财物与地方脱钩的改革意见。
司法改革的第二个着力点是：确保司法公正。
司法改革要有助于遏制司法腐败。近几年来，检察机关在诉讼监督工作中一系列新工作机制的运用，对惩治司法腐败发挥的职能作用是有目共睹的。如郭永运代表所言：“十六大提出要健全‘权责明确、相互配合、相互制约、高效运转的司法体制’，随着司法改革越来越接近这个目标，司法腐败就越会得到有效遏制，司法公正就越会得到最充分的体现。”
谁来监督司法机关？一些代表提出，在司法改革的制度创新中，必须把司法机关外部的监督制度设计进去。杨伟程代表认为：“还应包括新闻舆论监督、社会团体和人民群众监督等等，只有这样，才形成了实现司法公正的完备的制度性保障。”他说，尤其是要强化各级人民代表大会及其常委会、各级人大代表对司法机关的工作进行监督，基于此，去年已经提请审议的《监督法》应及早出台。《监督法》对司法改革的体制设计具有的独特意义是不容置疑的。
经费保障体制：
有望成为体制上率先改革的突破口
在检察机关工作近４０年的贵州省检察院原检察长王安新代表，对西部贫困地区检察机关经费短缺深有感触：“１９９８年至２００３年这５年间，贵州县级检察院每月人均办公办案经费只有６００元左右。电话被停、水电被拉闸的事在很多县级检察院经常发生……”
经费保障关乎执法形象、关乎司法公正。同时担任着山东省、青岛市两级政府法律顾问的杨伟程代表说：“有的地方，办案时吃当事人的、用当事人的、花当事人的，群众能相信你公正吗？”
多年来，很多人大代表和政协委员为司法机关经费短缺而奔走呼吁。连任多届的全国政协委员黄景钧多次在全国政协会议上提出对检察机关增加经费和物质保障的提案，引起国家计委等有关部门的重视。
接受记者采访时，河南省检察院检察长王尚宇代表提出了他对改革司法机关经费保障的思路：“我有两点建议：一是，建立各级人民代表大会审议通过法院、检察院经费预算制度，各级政府财政部门根据本级法院、检察院申请的经费预算项目、数额，审编独立的经费预算，由人代会分别审议通过政府、法院、检察院的预决算。二是，建立中央和省级财政补助贫困地区司法机关经费的制度。我国东西部经济发展不平衡，同一省内也有贫困县市，但国家法律必须以一个标准统一实施。因此，建立中央和省级财政补助贫困地区司法机关的制度就十分必要和迫切。”
一位基层检察院检察长曾经对记者说过这样的话：“我很多时间都在为钱发愁，人要吃饭，车要喝油……我多么希望基层检察院的检察长不再这么过日子呀。”他说话时那种特有的神情深深地印在记者的心里。目前，很多地方司法经费的多少在很大程度上取决于司法机关的跑和要。努力实现以制度保障取代“跑”经费“要”“皇粮”，这是司法机关尤其是基层司法机关的强烈呼声，也是他们对改革寄予的莫大期望。
如果说司法改革必将深入体制的深层，经费保障体制的率先突破应该是最现实的。一些代表委员如是说。对此，人们注意到了朱镕基总理在今年的政府工作报告中的一句话——“逐步完善政法经费保障机制，努力为政法系统开展工作提供必要条件”。
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