以“天赋人权”思想为总领的自由民权运动，其针对主要目标就是要推翻以天皇为代表的带有封建色彩的君主立宪制政体，代之以法国式的自由资本主义政治体制。自由民权运动触及了国家政体，引起了统治阶级的强烈反应，加强了对思想的控制和镇压。“明六社”因此而解散，启蒙思想家们的启蒙活动逐渐停止。
以自由资本主义人文主义思想为基础的立法思想，于日本社会当时的实际情况有较大距离。在经济基础中，自由资本主义的成分只占微不足道的极小部分，而占据经济基础主导地位是由幕府垄断商人转化为的与国家资本紧密关联的垄断资本家；而自由资本主义标榜的“天赋人权”、“主权在民”、“三权分立”的思想，也与天皇制为基础的带有封建色彩的政治现实出现错位。因此，自由民权运动未能得到经济基础的响应和支持，并由于威胁到君主立宪的政治体制，遭到明治政府的坚决镇压，最终以失败而告终。
自由民权运动蓬勃发展触动了维新政权的根基，刺激了统治阶级开始认真思考对西方文明选择的方向维新政府对待法律思想选择的态度发生了最大转变。
在政府引导下，德意志近代哲学思想有了广泛的传播。1890年井上哲次郎留德回日后，在东大执教33年，他系统宣讲了德国哲学，力图综合德国国家主义与传统的儒学道德，表现出露骨的反启蒙主义和国家至上主义色彩。
由于国家至上主义符合了统治阶级的利益，日本执政者终于在明治二三十年代将吸收西方文化定位在德国国家主义和传统的儒学道德的结合上。立法思想也随之得到纠正，“天赋人权”的立法思想转变为“天赋国权、国赋人权”；“主权在民”与转而强调“国家权利”和“天皇主权”；“三权分立”也最后归结于“天皇拥有对立法、司法和行政的最终裁判权”；回到与经济基础相适应和与政治现实相一致的轨道上来。
（四）法律制度的错位与纠正
立法目的、法律指导思想的错位得到纠正的同时，法律制度的纠正也随之进行。从历史资料来看，各法律部门都存在错位的现象，并都得到了相应纠正或调整，但由于篇幅所限，本文只对宪法、民法、商法的错位与纠正进行阐述和分析。
1．宪法的错位与纠正
日本宪法制定最初是以法国宪法为模仿对象，1870年，江藤新平1组织留学法国的人员翻译法国法律典籍，还专门聘请了法国著名法学家布瓦索纳德（Gustave Emile Boissinade）为政府顾问。明治七年（1874），着手编纂宪法。两年后，明治天皇降旨元老院议长栖川宫炽，命其起草宪法草案。不久即爆发了要求开设国会、制定宪法、减轻地税和修改不平等条约的自由民权运动，激进的自由党人在高唱法国式自由民主的同时，与政府对立直至掀起武装起义。
明治政府认识到建立以“天赋人权”“主权在民”“三权分立”为基础的自由资本主义政治、法律制度必然动摇以天皇制为基础的中央集权制国家政治体制，这与明治维新的初衷和目标是不一致的。
自由民权运动对政府的刺激是逐渐放弃了建立以“天赋人权”“主权在民”“三权分立”等启蒙思想为基础的自由资本主义的政治、法律制度；转而倾向于带有明显封建君主立宪制色彩的德意志帝国政治、法律制度。
还应该看到以法国法律典籍为蓝本，在法国著名法学家布瓦索纳德（Gustave Emile Boissinade）指导下起草的“宪法草案”，在自由民主思想上有其进步的一面，但却缺乏与日本国情配合的力量。如日本经济中自由资本主义成分非常薄弱，更多是由幕藩特权商人阶层转变而来的由国家支持的垄断资产阶级。而法国宪法倡导的自由资本主义经济原则，显然与日本经济现状不相适应。因此这是一部与经济基础和政治现实错位的宪法草案，必然要遭到强制纠正。
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