科技水平是一国综合国力的体现。在知识经济时代，科技进步对经济发展的贡献越来越大，特别是高新技术对于一国经济持续快速发展起着决定性作用。同时，科技投入是科技进步的必要条件和基本保证，而我国的科技投入长期处于水平过低和严重不足的状况。据有关部门统计，我国科技研究和发展（R&D）支出占国内生产总值（GDP）的比重在1990—1993年间为0.7%—0.72%，1994—1995年间均为0.5%。这不仅与发达国家2%—3%的平均水平相距甚远，与一些发展中国家相比也有一定的差距。长期以来的科技投入不足已成为严重阻碍我国科技发展的主要因素之一。为此，国务院作出了《关于加速科技进步的决定》，提出要坚定不移地实施科教兴国战略，要求采取有力措施，到2000年全社会R&D/GDP比重达到1.5%。
为促进科技创新和技术进步，刺激企业增加科技投入，国务院也颁布与实施了一些财政税收政策。如在企业所得税方面，规定国务院批准的高科技产业开发区的高科技企业，按15%的税率征税；新办的高新技术企业自投产年度起免征所得税两年；同时对科研单位和大专院校服务于企业的技术成果、技术培训、技术咨询、技术承包所取得的技术性服务收入暂免征所得税；我国外商投资企业所得税法规定，国务院批准设立的高新技术产业区的外商投资企业被认定为高新技术企业的，按15%的税率征税；从获利年度起，第1—2年免税；减免期满后，仍为先进企业的，可延长3年减半征税。并且，我国的《企业财务通则》、《企业会计准则》和“关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知”（财工字[1996]41号）中明确规定企业用于技术开发的经费可入成本，增长超过10%时，另加50%税前扣除的优惠。这些措施的实施，在一定程度上促进了我国高科技企业的发展，刺激了企业进行科技投入的积极性。但就目前来看，现行优惠政策基本属于税收优惠，体现在税率降低和税额的定期减免，其他相关措施不足，没有形成一系列多角度、多渠道的优惠政策。
一、现行科技税收优惠政策存在的问题
第一、税收优惠对象选择上不尽科学。现行的税收优惠政策主要是一种区域性税收优惠政策，即只是针对高科技产业区、经济开发区。这种做法有悖于平等竞争原则，区内、区外的企业享受的政策优惠差异较大，在同等技术条件下区外企业享受的优惠较少，不利于企业间公平竞争。同时这也给企业避税创造了条件，区内外政策不同导致区内注册、区外经营现象普遍存在，不利于税收征收管理。
第二、现行所得税制在鼓励科技进步方面存在着一些限制性因素。主要表现在直接性优惠过多、间接性优惠不足，特别是内、外资企业适用的两套不同企业所得税制与高科技企业所得税优惠产生交叉，并且外资企业的优惠政策总体上多于内资企业，存在着技术水平相当条件下的内外资企业的非公平竞争问题。
第三、我国流转税体制方面也存着不利于鼓励企业科技进步的因素。由于我国是世界上仅有的实施“生产型”增值税的两个国家之一（中国与印尼），增值税的进项税额中不得抵扣购进的固定资产价款，这对于资本有机构成较高的高科技企业而言，是一部分额外的税负，相当于多付了一笔“投资税”，从而影响了企业科技投入和技术改造的进行。另外，由于现代科研的前期投入资金量大，但“无形资产”、“ 特许权使用费”等不得在进项税额中抵扣，这又进一步加重了企业的税负。
第四、现行税收征管工作的滞后不适应促进高科技企业发展的税收政策需要。如我国对高科技企业税收征管大多专门设立税务机构进行属地管理，这固然有利于对高新产业区的企业统一管理，但对于其它非产业区的高科技企业而言，则带来了税收征管上的困难。同时税务机关在具体征管过程中把关不够，一些名义上的“高新科技企业”也在科技工业园注册、经营，这实际上只会带来国家税款的流失。因而，对于高科技企业的认定及完善其相关认定标准，是税务机关亟待解决的一个问题。
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